ChIRP-seq整體服務
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ChIRP-seq整體服務
發(fā)布時間:2017-09-13 09:25:24 | 瀏覽次數(shù):
項目簡介:
ChIRP( Chromatin Isolation by RNA Purification) [1]是一種同時分析lncRNA/circRNA[2] 、蛋白及DNA三者互作關系的實驗方法。利用ChIRP-seq技術可用于在全基因范圍內(nèi)定位lncRNA/circRNA的結(jié)合位點和可能結(jié)合的其他RNA分子,是揭示位于細胞核內(nèi)lncRNA/circRNA 生物學機制的關鍵實驗手段。
表觀生物結(jié)合自身團隊技術優(yōu)勢,為生物醫(yī)學研究提供整體的ChIRP-seq技術服務,推動lncRNA/circRNA研究領域的發(fā)展。
項目流程:
ChIRP-seq流程包括ChIRP探針設計合成、lncRNA復合物交聯(lián)、超聲打斷、探針雜交、DNA回收純化、測序分析。
圖1. ChRIP實驗流程圖
ChIRP-seq實驗分組:
1、IP組:目標lncRNA/circRNA Odd組和Even組(即實驗組,用于鑒定lncRNA/circRNA作用基因組位置)
2、lacZ組:外參對照組,證明ChIRP探針的特異性;
3、Input組:捕獲前分離提取的基因組DNA,作為內(nèi)參對照組,證明探針特異性;
4、Positive組:陽性對照組,通過已知驗證有效的探針,通過WB檢測已知結(jié)合蛋白質(zhì),證明整個ChIRP實驗體系的有效性;
5、目標lncRNA/circRNA qPCR:證明ChIRP探針對目標lncRNA的正確結(jié)合及有效捕獲。
樣本要求:
細胞數(shù)量:細胞數(shù)量需要達到108個;提供活細胞或者提前做好交聯(lián)處理的細胞樣本。
生物信息分析:
1. 去接頭污染,去低質(zhì)量reads和測序質(zhì)量評估
2. ChIRP測序序列與參考基因組序列的比對
3. ChIRP測序reads在全基因組的分布
4. Odd探針組與Even探針組Common Peaks合并分析
5. Common Peaks鑒定及基因原件分析
6. Common Peaks相關基因篩選與GO功能聚類分析、Pathway分析
7. Common Peaks 可視化
8. Common Peaks Motif分析
實驗周期:
60個工作日。
公司提供:
實驗報告(材料、試劑、儀器、方法、數(shù)據(jù)分析、實驗結(jié)果)。
其他注意事項:
1、目標lncRNA/circRNA的表達豐度:CT值好在23以內(nèi)(ACTB 16-17/GAPDH 18 );
2、如果目標lncRNA/circRNA表達豐度較低,需要進行過表達以確保ChIRP成功;
3、實驗前需要確定目標lncRNA/circRNA定位于細胞核內(nèi)發(fā)揮功能。
參考文獻:
[1] Chu C, Qu K, Zhong F L, et al. Genomic maps of long noncoding RNA occupancy reveal principles of RNA-chromatin interactions[J]. Molecular cell, 2011, 44(4): 667-678.
[2] Li Z, Huang C, Bao C, et al. Exon-intron circular RNAs regulate transcription in the nucleus[J]. Nature structural & molecular biology, 2015, 22(3): 256-264.
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